Około 997 roku powstało tu pierwsze na ziemiach polskich opactwo benedyktynów, p.w. Najświętszej Marii Panny i św. Aleksego. W 1140 roku opactwo zostało przeniesione do Mogilna a klasztor rozebrany. Na jego miejscu w 1141 roku arcybiskup gnieźnieński Jakub ze Żnina rozpoczął budowę kolegiaty. Konsekracja kościoła odbyła się 21 maja 1161 roku, wzięli w niej udział wszyscy polscy biskupi i książęta. Odbyło się tu 21 synodów prowincjonalnych, nazywanych synodami łęczyckimi. Pierwszy z nich zwołano w 1181, ostatni odbył się w 1547.

   Kolegiatę wzniesiono z granitu i piaskowca. Jest to trójnawowy orientowany kościół w układzie bazylikowym, z absydami na końcach osi podłużnej. Od strony zachodniej znajdują się dwie czworoboczne wieże, a od strony wschodniej dwie baszty. Kościół pełnił również rolę twierdzy. Oparł się najazdowi Tatarów w 1241 roku, ale później płonął wielokrotnie – podczas najazdów Litwinów, Krzyżaków, Szwedów.

   Odbudowa częściowo zatarła romański charakter budowli, pojawiły się elementy gotyku. W 1569 roku dobudowano renesansową kruchtę osłaniającą piękny romański portal.

   W latach 1765-1785 z inicjatywy prymasa Łubieńskiego kościół został przebudowany w stylu klasycystycznym. Prace wykonano pod kierunkiem architekta Efraima Szregera przebudowując wieże, główną nawę, zachodnią fasadę, a także okna i wnętrze. W czasie przebudowy kolegiaty powstał stojący obok niej niewielki drewniany kościół św. Mikołaja.

   Podczas II wojny światowej kolegiata została w znacznym stopniu zniszczona. W 1947 roku rozpoczęto odbudowę przywracając jej romański charakter. W czasie remontu odkryto w 1954 roku fundamenty pierwotnego opactwa benedyktynów.